Prvi počeci skupljanja muzejske građe i predmeta na benkovačkom području započinju još krajem 19. st kada su velikaške benkovačke obitelji u skladu s duhom tadašnje Europe prikupljale arheološku i etno građu za svoje privatne zbirke. Obnovom Kaštela Benković 1977. g. pri Narodnom sveučilištu Benkovac u prostorima samog kaštela započela je s djelovanjem mala skupina entuzijasta koji su svoje kolekcije predali kao temelj za osnivanje Zavičajnog muzeja benkovačkog kraja, što je prvi zapis postojanja muzejske djelatnosti u Benkovcu.
Zavičajni muzej Benkovac osnovan je 1983. g., tada u sastavu Narodnog sveučilišta Benkovac. Muzej se bavio prikupljanjem arheološke, etnološke te kulturno povijesne građe sa šireg benkovačkog područja. Prema podacima koji su sačuvani prije Domovinskog rata muzej je imao bogatu arheološku zbirku sa preko 15000 predmeta, etnološku zbirku sa oko 150 predmeta, kulturno-povijesnu zbirku, kao i zbirku fotografija, razglednica, te bogatu knjižnicu. Bio je uređen arheološki postav muzeja, djelomično etno postav te se dalje radilo na obradi i prikupljanju građe s brojnih lokaliteta benkovačkog kraja.
Djelovanje muzeja, prekinuto Domovinskim ratom 1991.-1995. (kad je nestala većina muzejske građe, a dokumentacija o građi potpuno je nestala) nastavljeno je 1995. g. u sklopu Arheološkog muzeja iz Zadra. Dio etnografske zbirke sklonjen je nakon "Oluje" u Zavičajni muzej u Biogradu na Moru, a arheološke u Arheološki muzej Zadar. Na povratu ove građe u Zavičajni muzej Benkovac intenzivno se radi, i uskoro bi trebala postati dio stalnog postava muzeja. Od 2007. g. Zavičajni muzej Benkovac djeluje kao samostalna ustanova čiji je osnivač Grad Benkovac.
Zavičajni muzej Benkovac, osim muzejskog posla priređuje u suradnji s Gradom Benkovcem, Turističkom zajednicom Grada Benkovca, KUD-om Branimir Benkovac, klapom Asseria, te drugim udrugama i institucijama Grada Benkovca razne kulturne priredbe: smotra klapa, Etno festival, kazališne predstave, radionice i tečajevi očuvanja tradicionalnih zanata, izložbe te stručna vodstva na lokalitete Aserija, Kličevica, Karin...
